Jonas Thorsen kom første gang til Viborg FF i 2009, da han skiftede fra AGF’s ungdomsafdeling til førsteholdet i Viborg. Det var således i domkirkebyen, at den professionelle karriere startede, da Thorsen fik debut for VFF i efteråret 2009.

Han stoppede i VFF ved kontraktudløb i sommeren 2017 efter 205 kampe i den grønne trøje, hvorefter han skiftede til AC Horsens. Siden var han også en tur i tyske Eintracht Braunschweig, inden han igen vendte tilbage til AC Horsens.

I sommeren 2022 trænede Thorsen med hos VFF, inden det blev til en et-årig kontrakt.