Auri Skarbalius startede sin trænerkarriere i 2006 for 1. divisionsklubben Herfølge, hvor han også afsluttede sin aktive karriere som spiller. Da Herfølge i 2009 fusionerede med Køge, og blev til HB Køge, fortsatte Skarbalius som cheftræner i den nye klub.

Her formåede han blandt andet at føre HB Køge i Superligaen inden han i efteråret 2011 blev købt fri af Brøndby IF, hvor han blev ansat som cheftræner. I en svær periode for klubben fra Vestegnen, lykkedes det Skarbalius at overleve i Superligaen med Brøndby, da klubben reddede sig i sidste spillerunde i sæsonen 2012/13.

I efteråret 2013 overtog han sjællandsserieklubben Haslev, inden han i foråret 2014 blev udnævnt som Ove Christensens afløser i Viborg FF.