Martin Thomsen blev ansat som assistenttræner i sommeren 2025, hvor han kom til efter at have været cheftræner i Hobro IK i fire år forinden. Han har også tidligere været både assistent- og cheftræner i Skive IK.

Som spiller var Martin Thomsen i Viborg FF i perioden 2001-2003, hvor det blev til en enkelt Superliga-kamp for klubbens førstehold.

Størstedelen af spillerkarrieren blev tilbragt hos Skive IK, men Martin tørnede også ud for Hobro IK, Silkeborg IF og Jammerbugt FC, inden han i 2018 indstillede karrieren.