Den rutinerede målmand startede sin karriere i AB, hvorefter han skiftede til engelske Reading, og nåede senere at repræsentere flere engelske klubber.

I Danmark har Mikkel Andersen optrådt for Randers FC, Lyngby og FCM.

Målmanden skrev en toårig kontrakt med Viborg FF i sommeren 2021 efter at være blevet løst fra sin aftale hos norske Brann.