Oprindeligt kommer Scheel fra Lyngby, hvor han spillede i sin ungdomskarriere, men fik kontrakt i AGF, da han flyttede til Århus for at studere. Her spillede han frem til 2013, og var blandt andet med til at rykke op i Superligaen.

Efterfølgende skiftede Scheel til Silkeborg, hvor han var i perioden 2013-2017, og var en stor profil på holdet i to oprykninger. Det sendte ham videre til SønderjyskE, hvor det i alt blev til 27 kampe i sin første sæson i klubben. I sommeren 2018 skrev han under med Viborg FF på en treårig aftale.